離心噴霧干燥機運行期間，工作人員需要定時進行收料、定時檢查各系統運行情況，并記錄各工藝參數。在運行結束時，應首先關停加熱裝置，并用水來代替料液以沖洗料管殘留料液，然后關閉料泵。當進口溫度減低到100℃以下后可以停止送風機和抽風機的運行。

接下來還需要將離心噴霧干燥機內部和除塵器中的殘留物料清理干凈，并關閉除塵器及氣錘，關閉總電源，完成生產操作。如遇緊急情況，必須立即關停設備，應首先關停送風機和料泵。如果突遇停電，應使塔體自然降溫，然后打開排污閥，排盡料漿管道內漿料，并清洗設備。

在清洗的時候，首先要把離心噴霧干燥機噴霧盤拆下，并且放入到清水中，以便于將殘留物質清洗干凈。在用清水洗不掉時，應用刷子刷洗。因為噴霧盤上的殘留物質會帶來噴霧不平衡度，嚴重影響噴頭的使用壽命甚至損壞其它機件。噴頭工作完畢后和運輸過程中切忌臥放。安放不正確，會使主軸彎曲，影響使用，因此安放應有固定架。

事實上，為了確保離心噴霧干燥機及其管道的清洗質量，得到優質的產品，那么有規則的清洗設備是十分必要的。當產品品種更換時，或是設備已經停產24h以上而未清洗的，應作一次全面徹底的清洗。至于清洗方法，可根據實際選擇干洗、濕洗或化學洗。

所謂干洗，通常是用于小型的干燥機清洗，使用刷子、吸塵器清掃干凈即可。而濕洗是使用60~80℃的熱水進行清洗。化學洗是利用堿液、酸液和各種洗滌劑清洗。當進行濕洗和化學洗滌后，應將離心噴霧干燥機和各部件安裝好，進行高溫消毒，時間15~30min。